近年来,三江源地区生态环境呈恶化趋势,主要表现在:冰川退缩,湖泊、沼泽萎缩,地下水位下降;气候反常,自然灾害加剧,冰雹、霜冻、干旱、雪灾等次数有增无减;草地沙化严重;虫鼠危害严重,三江源地区10%以上的面积有鼠害,虫害面积占3.73%;水土流失严重,占三江源地区的11%由于盗猎等行为,野生动物锐减,生物多样性遭破坏。如果这一地区生态环境呈恶化趋势得不到有效控制,三江流域上、中、下游地区经济和社会的可持续发展将受严重影响。三江源自然保护区的建立,对于保护好江河源头的生态系统,保护好高原湿地,为高原特有野生动物提供良好的栖息环境,保护青藏高原原始地貌和世界"第三极"自然景观有着极其重要的现实意义和深远的历史意义。